《企業所得稅法》及其實施條例運行以來，不少納稅人咨詢子公司使用母公司的商標與分公司使用總公司的商標，該不該支付商標使用費，以及所支付的商標使用費能否在稅前扣除。在此提醒納稅人注意，子公司使用母公司的商標與分公司使用總公司的商標，所支付的商標使用費在稅務處理上是不同的。

　　首先，需要明確什么是商標使用費。商標使用費屬于特許權使用費之一，《實施條例》第二十條有明確的定義，是指企業提供商標權的使用權取得的收入，應按照合同約定的商品權使用人應付商品權使用費的日期確認收入的實現。商標權是單一性質的法定權利，又稱商標專用權，是指經依法注冊商標的所有權人支配其注冊商標并禁止他人侵害的非他性權利，包括商標權人對其注冊商標的排他使用權、收益權、處分權、續展權和禁止他人侵害的權利等。

　　其次，需要明確商標使用能否稅前扣除。根據《實施條例》第四十九條的規定，企業內營業機構之間支付的特許權使用費，不得在稅前扣除。由于企業所得稅法采取法人所得稅，企業分支機構屬于企業總機構的組成部分，不是一個對外獨立的實體，不能成為獨立的企業所得稅納稅人，應由企業總機構統一代表來進行匯總納稅。在實際經營過程中，企業出于管理和生產經營等因素的需要，可能采取相對獨立的內部分支機構管理，分支機構在企業總機構內部具有相對獨立的資產、經營范圍等，這就可能使這些分支機構之間可能發生類似于獨立企業之間進行所謂提供經營管理服務，如支付商標使用費。但企業內部分支機構之間進行的這類業務活動屬于內部業務活動，在繳納企業所得稅時，由于他們不是獨立的企業所得稅納稅人，需由企業匯總納稅，所以對于這些內部業務往來所產生的費用，均不計入收入和作為費用扣除。也就是說，分公司與總公司之間的商標使用費，總公司無需計入收入，分公司無需計入費用，也就不存在稅前扣除這個問題。

　　這里需要注意的是，子公司使用母公司的商標權所支付的商標使用費，是不屬于《實施條例》第四十九條規定的不得稅前扣除的特許權使用費。由于母公司與子公司屬于不同獨立法人企業，存在著控制與被控制的關聯關系，應當按照獨立企業之間的公平交易原則來確定商標使用費的價格，作為企業正常的費用進行稅務處理。

　　第三，需要明確商標使用費如何扣除。《企業所得稅法》第八條規定，企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，準予在計算應納稅所得額時扣除。第四十一條規定，企業與其關聯方之間的業務往來，不符合獨立交易原則而減少企業或者其關聯方應納稅收入或者所得額的，稅務機關有權按照合理方法調整。同時，《實施條例》第一百二十三條規定，企業與其關聯方之間的業務往來，不符合獨立交易原則，或者企業實施其他不具有合理商業目的安排的，稅務機關有權在該業務發生的納稅年度起10年內，進行納稅調整。綜上所述，子公司使用母公司的商標所支付的商標使用費，母公司應當按照企業間的獨立交易原則來確認收入，子公司支付的商標使用費只要符合關聯企業之間的規定，就可以按計入費用在稅前扣除。